MTA今年至今加班预算超支达1.76亿美元，MTA官员将原因归咎于职位空缺和需要补充人员。因加班费高昂，去年六名员工的总工资已超过MTA 主席兼首席执行官利伯（Janno Lieber）。
MTA的资金来源包括税收和自身收入。根据MTA日前公布的财务文件显示，MTA今年前六个月的加班费已达 7.64 亿美元，有望打破2025年创下的近 15 亿美元的加班费纪录。仅今年前三个月，加班费就占 MTA 员工工资的 23% 左右。
MTA官员将惊人的加班费归咎于职位空缺和需要补充人员。MTA发言人在一份声明中表示，“加班有时比增加人手更具成本效益——例如应对极端天气事件。但并非总是如此。管理加班是当务之急，这意味着要努力改变鼓励加班的工作规则，也意味着要加强监管，提高监管力度。”
根据州府公布的MTA工资记录，在负责运营纽约市收费桥梁和隧道的桥梁和隧道部门，今年前三个月的加班费占正常工资的 50%，是 MTA所有部门中最高的。在该部门中，一名副队长今年前三个月获得了近九万美元的加班费，高于MTA任何其他员工，同时还获得了逾3.6万美元的工资。此外，该部门的一名巡佐今年前三个月获得了超7.8万美元的加班费，同时领取了2.9万美元的正常工资，去年其加班费更是达到了30.4万美元，几乎是其12.3万美元工资的2.5倍之多。
作为MTA的下属机构，纽约市公交（NYCT）今年总运营预算为213亿美元。截至6月底该部门有2868个职位空缺，并因此节省了9700万美元的工资，却在加班费上超支了1.41 亿美元。该机构高级固定工程师Stilwell Manriquez在今年前三个月获得了7.9万美元的加班费，去年他的加班费更是达到了27.6万美元，使其总收入达到近55万美元，成为了去年MTA收入最高的员工，包括他在内去年共有六名员工工资超过了MTA主席兼首席执行官利伯。
MTA内部也正在努力应对猖獗的加班滥用问题。去年MTA 监察长发现 36名长岛铁路员工假打卡，在即便没有工作的情况下领取远高于同事的加班费，相关情况在其他部门也屡见不鲜。
即便从去年开始的拥堵收费为MTA带来了5.62 亿美元的收入 ，MTA 预计明年将出现 1.6 亿美元的赤字，2028 年将出现2.43 亿美元的赤字，2029 年将出现 3.06 亿美元的赤字。
